राष्ट्रीय जांच एजेंसी (NIA) ने अमृतसर मंदिर ग्रेनेड हमले के मामले में तीन अभियुक्तों को चार्जशीट किया है। विशेष निया कोर्ट के समक्ष दायर किए गए अपने चार्जशीट में, निया ने विशाल गिल @ चुची, भागवंत सिंह @ मन्ना भट्टी, और दीवान सिंह @ सनी को हमले की साजिश और निष्पादन में उनकी भूमिका के लिए आरोपित किया, जो कि ठाकुरद्वारा सनातन मंदिर, छहार्टा, एएम @ उसके लिए किया गया था। विशाल गिल उन दो बाइक-जनित हमलावरों में से एक थे जिन्होंने 15 मार्च 2025 के मूत के घंटों में ग्रेनेड को फेंक दिया था। अन्य हमलावर, गुरसिडक सिंह @ सिडकी, हमले के दो दिन बाद एक पुलिस मुठभेड़ में मारे गए थे। चार्जशीट के अनुसार, भागवंत सिंह @ मन्ना भट्टी ने हमलावरों को आश्रय प्रदान करके, ग्रेनेड की सुरक्षित छुपा, टोही के लिए मोटरसाइकिल, और हमले से पहले और बाद में तार्किक समर्थन प्रदान किया था। दीवान सिंह @ सनी को सह-अभियुक्त और सबूतों के विनाश को कम करने में उनकी भूमिका के लिए चार्जशीट किया गया है। एक अन्य प्रमुख अभियुक्त, शरनीजीत कुमार को 5 सितंबर 2025 को निया ने बाहार के बाख से गिरफ्तार किया था। RC-08/2025/NIA/DLI के मामले में एजेंसी की जांच ने भी UPI और MTSS चैनलों के माध्यम से विदेशी हैंडलर से स्थानीय संचालकों को आतंकवादी धनराशि के हस्तांतरण का खुलासा किया है, जिन्हें आगे की जांच की जा रही है। मामले में अन्य फरार की पहचान करने के लिए प्रयास किए जा रहे हैं, और हमले में शामिल आतंकवादी मॉड्यूल के अंतर्राष्ट्रीय लिंकेज का पता लगाने के लिए – भारत और विदेशों में स्थित आतंकवादी संचालकों द्वारा एक बड़ी साजिश का हिस्सा है, जिसका उद्देश्य लोगों के बीच डर पैदा करना और पंजाब और देश के बाकी हिस्सों में सांप्रदायिक असहमति को उकसाना है।